受“放管服”政策影响，国家卫生健康委员会不再组织健康管理师的考试，健康管理师考试正式退出目录；而职业技能等级认定仍依据国家人社部发布的相关职业《国家职业标准》组织实施；改革后统一由国家人力资源和社会保障部备案的职业技能鉴定所或者第三方评价组织，证书也是由职业技能鉴定所或者第三方评价组织颁发。证书颁发后可以直接登录国家职业资格工作网查询，全国通用，无需年检；含金量不变，依旧可领补贴。
2021年以前，健康管理师证书是由人社部和国家卫健委颁发。从2021年起，健康管理师证书退出国家职业资格目录，发证单位调整为人力资源和社会保障部第三方评价机构认定，依然由人社部来监管。